Wichtigstes Entscheidungsgremium ist die einmal im Jahr stattfindende Landesvertreterversammlung, zu der aus jedem Regional- und Kreisbauernverband Delegierte entsandt werden. Diese fassen Beschlüsse zu allen wirtschaftspolitischen und berufsständischen Fragen von allgemeiner und grundsätzlicher Bedeutung und wählen alle vier Jahre einen Präsidenten zw. eine Präsidentin, die drei Vizepräsidenten sowie die Mitglieder der Revisionskommission in geheimer Wahl.

Der Präsident bzw. die Präsidentin und die drei Vizepräsidenten bilden zusammen mit dem Präsidenten bzw. der Präsidentin des Arbeitgeberverbandes und dem bzw. der Vorsitzenden des Fachausschusses Familienbetriebe/GbR den ehrenamtlich tätigen Vorstand des Verbandes. Die Vorstandsmitglieder vertreten den Verband nach außen und repräsentieren diesen in der Öffentlichkeit. Der Vorstand tagt regelmäßig, setzt Beschlüsse um und überwacht die Geschäftstätigkeit der Geschäftsstelle.